De Gemeentelijke Ombudsman wordt in zijn werkzaamheden ondersteund door een team van ervaren medewerkers. De organisatie van de Gemeentelijke Ombudsman kent een zogenoemd front office, een back office, een facilitair bureau en een afdeling communicatie. De dagelijkse leiding berust bij het Hoofd Bureau.

Medewerker van het front office houden zich bezig met de verwerking van alle klachten die binnenkomen per e-mail, brief, fax, telefoon of via het klachtenformulier op de website. Het Hoofd Bureau heeft de verantwoordelijkheid voor deze afdeling.
Back office
Er zijn tien onderzoekers die de klachten inhoudelijk behandelen. Zij nemen beurtelings deel aan de gesprekken van de ombudsman met bezoekers van het spreekuur. De medewerkers gaan op werkbezoeken om inzicht te krijgen in de dagelijkse praktijk van de diensten en stadsdelen uit de diverse gemeenten en om kennis en ervaringen uit te wisselen over dienstverlening. Ook wordt deelgenomen aan het Amsterdamse Platform voor Klachtencoördinatoren.
Naast het behandelen van klachten, voeren de medewerkers ook onderzoeken uit op eigen initiatief (zie rubriek
Bijzondere onderzoeken). De dagelijkse coördinatie van het onderzoek is in handen van een Coördinator Onderzoek.
Facilitair bureau
Het Facilitair bureau heeft een coördinator die leiding geeft aan drie medewerkers en enkele stagiaires en uitzendkrachten. Dit organisatie-onderdeel is onder andere verantwoordelijk voor het agendabeheer van de ombudsman, de administratieve afwikkeling van klachten en uitgebrachte rapporten, rapportages aan de gemeenteraad, financiën en de ICT-faciliteiten.
Nadat u uw klacht hebt ingediend, bekijkt de ombudsman of uw klacht in behandeling kan worden genomen. Is dat het geval dan start de ombudsman een onderzoek dat enkele dagen of zelfs maanden kan duren. Ook het resultaat kan uiteenlopend zijn.
Afdeling communicatie
De afdeling communicatie bestaat uit een communicatieadviseur en een medewerker communicatie en informatiebeheer. De afdeling is belast met zowel communicatiebeleid en uitvoering. Daarnaast is de afdeling verantwoordelijk voor het documentair informatiebeheer.
Bemiddeling
Soms kan het probleem verholpen worden door bemiddeling tussen u en de instantie waarover u klaagt. De ombudsman adviseert dan op welke wijze de instantie het probleem kan verhelpen.
In bijzondere gevallen kan de ombudsman om een bindend advies worden gevraagd.
Resultaat op website
Rapporten van de ombudsman zijn openbaar en worden voorgelegd aan de directie van de instantie, de verantwoordelijke wethouder en de gemeenteraad. De rapporten worden (zonder de naam van de klager) gepubliceerd op de website.